每周好文献文献64肝脾T细胞淋巴瘤的 [复制链接]

TheGeneticBasisofHepatosplenic

TCellLymphoma

CancerDiscovery

IF:20.01

背景

肝脾T细胞淋巴瘤（HSTL）是一种少见类型的外周T细胞淋巴瘤（PTCL），与其它PTCL亚型相比，HSTL患者多为年轻人，而且预后较差，多数患者在不到一年的时间里即死于该病。

与大多数PTCL不同，HSTL主要源于γδT细胞，免疫抑制是HSTL的一个主要危险因素，但多数患者的病因尚不清楚。HSTL最常见的遗传变异为7q等臂染色体和8号染色体三体，而其它体细胞突变和基因组变异的作用尚未见报道。

本研究拟采用68例HSTL患者的样本（包含20个配对样本）及2例HSTL细胞系，通过全外显子组测序分析HSTL的基因突变及拷贝数变异，并绘制HSTL的突变频谱，寻找HSTL新的致病突变及可能的治疗策略。

研究方法

全外显子测序样本

68例HSTL患者肿瘤FFPE组织，其中20例患者具有配对正常组织（未侵犯的骨髓组织），所有患者均有病理学的精确诊断。

2例HSTL细胞系：DERL2、DERL7。

基因功能验证模型

SETD2敲降DERL2细胞系、PIK3CD和STAT5B基因突变细胞系。

结果——患者临床表现

Fig1a.HSTL患者的总生存期曲线

47位患者有临床随访数据，中位随访时间为4.2年；

患者中位总生存期：11.9个月；

63%的患者2年内死于该疾病。

Fig1f.HSTL患者的临床变量热图

男性患者的预后更差；

80%的患者为γδTCR型，与患者预后没有关联。

结果——基因突变频谱

Figb.68例HSTL患者的基因突变热图橙色：无义突变；紫色：错义突变；绿色：移码插入缺失突变；粉色：非移码插入缺失突变；青色：同义突变。黑色圆点表示该样本该基因有多个变异。样本分为训练集（20个双样本）和验证集（48个单样本）

Figc.每个基因的突变样本数

在HSTL患者中，最常发生突变的基因为染色质修饰基因，占所有样本的62％。其中SETD2突变频率最高（25%），71%的SETD2基因突变的患者存在至少1个功能缺失突变（无义突变或移码突变）；其它经常发生突变的染色质修饰基因包括INO80（21％）、TET3（15％）和SMARCA2（10％）。

信号通路基因突变次之，主要表现为错义突变，主要包括STAT5B，STAT3和PIK3CD基因突变。

结果——染色体拷贝数变异

Figd.染色体7p7q、8p8q、10p和1q的拷贝数变异图

Fige.每个样本的染色体变异数目

所有HSTL的患者中，47%的患者存在7号染色体的变异，且多数为7q等臂染色体，仅有5个患者只存在7q的扩增；

31%的患者存在8号染色体的变异，且多数同时存在7号染色体的变异；驱动基因UBR5位于该区域。

19%的患者存在10q缺失；

13%的患者存在1q扩增。

2例来源于同一HSTL肿瘤的细胞系的测序结果几乎一样，包扩STAT5B、ARID1B、SMARCA2和TP53突变，以及7q等臂染色体、8号染色体三体、10p缺失及1q扩增。

结果——与其它淋巴瘤的遗传差异

Figf.不同淋巴瘤亚型基因突变频率

蓝色：68例HSTL；深紫色：37例CTCL；洋红色：23例ALCL；粉色：25例NKTCL；红色：81例ATL；橙色：28/9例AITL；*色：22/6例PTCL；浅蓝：96例DLBCL；浅绿：59例BL；深绿：56例MCL。

SETD2、INO80、TET3及STAT5B突变几乎仅发生在HSTL中；PTCLNOS和AITL中常发生的RHOA突变在HSTL中从不发生变异；而B细胞淋巴瘤中常发生的变异的PIK3CD、UBR5及SMARCA2，确有变异检出。

结论：HSTL具有区别于其它非霍奇金淋巴瘤亚型独特的基因突变特征。

结果——SETD2基因功能验证

SETD2基因突变多发生在第3、10-12及19-21外显子区；

SETD2基因以双等位基因失活的方式频繁的发生功能缺失突变；

SETD2突变型和野生型样本中没有表达差异。

SETD2基因敲降细胞系能够显著抑制该基因的表达；

SETD2基因敲降组和对照组细胞系表达谱存在显著差异；

SETD2基因沉默影响细胞的增殖或细胞周期进程。

SETD2基因敲降细胞系的细胞数目和增殖能力显著高于对照组

结论：在HSTL患者中，SETD2为抑癌基因，该基因的功能缺失突变通过促进细胞增殖致癌。

结果——STAT5、PIK3CD基因功能验证

STAT5B和STAT3基因突变多发生在SH2区域；STAT5B基因突变通过磷酸化影响下游原癌基因的效应。

PIK3CD基因突变发生在PIK3CA同源区域，激活PI3K/AKT通路，维持细胞的存活和增殖。

细胞实验表明：STAT5B/PI3K抑制剂协同作用，能够显著抑制HSTL细胞的生存。

结论与讨论

1.文章通过对68例HSTL患者肿瘤组织及2例HSTL细胞系的全外显子组测序，首次系统的描述了HSTL的遗传变异，绘制了基因突变频谱，并暗示了新的基因突变与HSTL发病机理和治疗目标有关。

2.HSTL独特的临床表现源于独特的遗传变异：

缺少其它T细胞淋巴瘤常见的基因变异，如RHOA、CD28、CCR4；

存在独特的高频突变基因，包括SETD2、INO80和PIK3CD，而在其它T细胞淋巴瘤不常见；

存在STAT5B和STAT3突变：STAT5B突变多存在于γδPTCL，多数源于αβT细胞的其它T细胞淋巴瘤不发生STAT5B突变；STAT3突变多发生在NKTCL和DLBCL中。

3.发现HSTL新的抑癌基因SETD2，细胞系功能实验表明该基因突变会促进HSTL肿瘤细胞增值，进一步明确该基因在HSTL肿瘤发生中的确切作用以及在调节T细胞发育中的潜在作用还需要更多的深入研究。

4.细胞实验表明：STAT5/PI3K抑制剂协同作用，能够显著抑制HSTL细胞的生存。

5.HSTL中反复出现的基因突变可以作为该疾病的新的治疗靶点，为治疗HSTL提供了新的思路，如PIK3CD和STAT信号通路的激活突变。

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